Осенью 2012 года перед Фондом ИСЭПИ была поставлена важнейшая задача — организация масштабной аналитической и экспертной площадки, которая должна стать одним из интеллектуальных центров принятия решений, прежде всего, в области внутренней политики страны.

10 октября 2012 года председателем Совета директоров Фонда ИСЭПИ избран Дмитрий Владимирович Бадовский.

Первым крупным публичным исследованием Фонда ИСЭПИ стал аналитический доклад «Прямые выборы губернаторов и система сбора муниципальных подписей в 2012 году», опубликованный 15 ноября 2012 г. В докладе, в том числе, обосновывалась необходимость предоставления субъектам РФ права выбора модели наделения полномочиями высшего должностного лица региона.

Перед Фондом ИСЭПИ также поставлена задача концептуального и содержательного сопровождения деятельности Общероссийского народного фронта (ОНФ). В марте 2013 года Фонд ИСЭПИ совместно с ОНФ выступил организатором первой конференции Общероссийского народного фронта «Строительство социальной справедливости», которая состоялась 28-29 марта 2013 года в Ростове-на-Дону.

29 марта 2013 года в соответствии с Распоряжением Президента Российской Федерации № 115-рп Фонд ИСЭПИ вошел в число распорядителей так называемого «Президентского гранта».

Согласно Распоряжению Президента Российской Федерации от 17.01.2014 г. № 11-рп Фонд ИСЭПИ включен в состав некоммерческих неправительственных организаций, которым поручено осуществить государственную поддержку ННО, реализующих социально значимые проекты и проекты в области защиты прав и свобод человека и гражданина.